Hallo, ich hatte das gleiche Problem mit der GOG-Version und Portingkit auf dem Mac. Der Mauszeiger war nicht dort, wo er sein sollte.
Das oben erwähnte RDM hat geholfen, aber die Auflösungen müssen nicht nur eingerichtet werden sondern ich musste 1024x768 aktiv in RDM auswählen (also das Display auf die Auflösung setzen) und erst danach Anstoss 3 starten - das hat das Problem bei mir gelöst.
Viele Grüße