Bis 1975 war Fischer Mitglied der linksradikalen und militanten Gruppe Revolutionärer Kampf. Er beteiligte sich an mehreren Straßenschlachten mit der Polizei („Putzgruppe“), in denen Dutzende von Polizisten zum Teil schwer verletzt wurden. Ein Foto vom 7. April 1973 zeigt den mit einem schwarzen Motorradhelm vermummten Fischer und Hans-Joachim Klein, später Mitglied der Revolutionären Zellen (RZ), wie sie gemeinsam auf einen Polizisten einschlagen.[7] Als Außenminister gestand Fischer seine damalige Gewalttätigkeit ein, wollte sich aber gleichzeitig nicht von ihr distanzieren.
Er beteuerte zudem, niemals Molotowcocktails geworfen zu haben. Hintergrund war eine vorläufige Festnahme Fischers 1976 unter dem Verdacht, einen solchen Brandsatz während einer Demonstration auf ein Polizeifahrzeug geworfen zu haben, wobei der Polizeiobermeister Jürgen Weber lebensgefährlich verletzt und dauerhaft entstellt worden war, mit anschließender Freilassung aus Mangel an Beweisen. Bei der Planung der Demonstration war unter Beteiligung Fischers der Einsatz von Molotowcocktails diskutiert worden. Nachermittlungen der Frankfurter Staatsanwaltschaft zu diesem Vorfall wurden 2001 durch den Umstand behindert, dass die Hessische Staatskanzlei unter SPD-Ministerpräsident Holger Börner von der Frankfurter Staatsschutzabteilung alle Unterlagen über Fischer angefordert hatte, als dieser 1985 in Wiesbaden Umweltminister wurde, und seitdem über den Verbleib der Akten nichts bekannt war.[8] Aus der Frankfurter Zeit stammt auch seine Freundschaft mit dem deutsch-französischen Studentenführer Daniel Cohn-Bendit, mit dem er zeitweilig in einer Wohngemeinschaft wohnte.
